1970 yılında Eskişehir’de doğdu. İlk ve ortaokulu Kocaeli-Gölcük’te, liseyi Eskişehir’de okudu. 1994 yılında Atatürk Üniversitesi İlahiyat Fakültesinden mezun oldu. 1997 yılında Atatürk Üniversitesinde yüksek lisansını, 2002 yılında OMÜ’de doktorasını tamamladı. 1995–2006 yılları arasında Ondokuz Mayıs Üniversitesi İlahiyat Fakültesinde araştırma görevlisi ve Dr. araştırma görevlisi olarak çalıştı. 2006’da doçent oldu. 2007 yılında Diyanet İşleri Başkanlığı Din İşleri Yüksek Kurulu Uzmanı olarak çalıştı. 2008 yılında kısa bir süre Din İşleri Yüksek Kurulu Üyeliği görevinde bulundu. OMÜ’de 2011 yılında profesör olan Soner Gündüzöz, 2013 yılında Ankara Üniversitesi İlahiyat Fakültesinde öğretim üyesi ve 05 Ekim 2020 tarihinde Din İşleri Yüksek Kurulu Üyesi görevine başladı. Pek çok yayınlanmış eseri bulunan Gündüzöz, evli olup Arapça ve İngilizce bilmektedir.